Matrix Revolution
La guerra si fa sempre più pressante e gli abitanti di Zion vengono chiamati a difendere in tutti i modi la città. I militari organizzano trappole per contrastare l'arrivo delle "seppie" (le sentinelle di Matrix) che con le loro trivelle ormai sono prossime a sfondare la cupola che protegge la città. Nel frattempo Neo, all'esterno, è ancora privo di sensi, ma in Matrix l'uomo si risveglia in una sorta di limbo gestito da colui che viene chiamato "l'uomo del treno", fedele solo al Merovingio. Questo tratto di metropolitana, da cui è impossibile fuggire, viene utilizzato per trasportare "illegalmente" programmi, nel mondo reale degli uomini. Quando Neo tenta di salire sul treno con Sati (programma dalle sembianze di bambina in fuga da Matrix, insieme ai genitori, con la connivenza del Merovingio), viene aggredito dall'uomo del treno che lo scaraventa nuovamente fuori.
Trinity e Morpheus vanno a interrogare l'Oracolo, nel tentativo di ritrovare Neo in Matrix, e questa spiega ai due come stanno i fatti e li indirizza dal Merovingio accompagnati da Seraph. La conversazione con il francese non sembra portare da nessuna parte e Trinity, contrariata, ha un approccio più spregiudicato: non appena il Merovingio inscena una delle sue pantomime, la donna lo minaccia puntandogli una pistola alla testa ed imponendogli un aut aut: o libera Neo o lei ucciderà tutti. Il Merovingio li indirizza nella stazione, nella quale riescono a ritrovare Neo, il quale, prima di "disconnettersi", per tornare al mondo reale, parla con l'Oracolo. Ella gli confida che il programma "agente Smith" in realtà deve la sua esistenza per "controbilanciare" la presenza di Neo. Gli svela anche che i suoi poteri di eletto vanno al di là di Matrix, estendondosi nel mondo esterno. Quando Neo lascia la donna, un gruppo di cloni di Smith entra nel locale e manipola e assimila anche l'Oracolo, guadagnando il potere della preveggenza.
Neo, risvegliato, chiede che gli venga assegnata una nave per partire alla ricerca della Città delle Macchine e poter tentare la via diplomatica per la cessazione della guerra. Preso per pazzo, Niobe, sebbene non creda ancora nell'Eletto, gli concede la propria nave. Trinity lo accompagna. Niobe e gli altri si dirigono verso Zion in un disperato tentativo di dare manforte ai difensori di Zion. Solo dopo essere partiti scoprono che Bane ha ucciso un membro dell'equipaggio ed è scomparso.
Nell'imminenza della partenza, Neo e Trinity vengono attaccati da Bane che si rivela a loro come l'Agente Smith. Durante il combattimento, Bane acceca Neo con un cavo arroventato, ma questi sviluppa la capacità di "vedere" l'energia emessa da viventi o macchine nella realtà esterna a Matrix. In questo modo Neo riesce ad uccidere l'uomo ed a salpare.
A Zion penetrano migliaia di sentinelle e alcune trivelle. La fanteria umana, a bordo di esoscheletri antropomorfi, ingaggia il combattimento coadiuvata dai civili. Niobe riesce infine ad arrivare in città. Dopo aver disattivato, con un impulso elettromagnetico, tutte le sentinelle, lascia, per contro, le apparecchiature elettroniche di Zion in avaria.
Neo, seguendo, grazie alla sua nuova capacità, la strada per la Città delle Macchine, trova notevoli difficoltà, causa i numerosi sbarramenti lungo il percorso: il gran numero di sentinelle non consente di proseguire. Trinity, dunque, porta la nave fuori dalla cupola di nuvole nere perenni che copre la Terra (scorgendo per la prima volta il cielo azzurro, e manovra in picchiata sulla città, schiantandosi contro una costruzione. Tale azione porta la nave a sfondare le linee nemiche.
Nell'impatto, Trinity resta gravemente ferita e muore tra le braccia di Neo.
Ormai...
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